בודק הפוליגרף יקבל מהמזמין את כל חומר הרקע הנוגע לנבדק , חומר רקע זה יסייע בידי הבודק בשלב התשאול המקדים
בדיקת הפוליגרף תבוצע בחדר אטום ככל שניתן לרעשי מבחוץ וניטראלי מכל גירוי חיצוני שיכול להפריע לנבדק, בודק הפוליגרף יבצע שיחה מקדימה עם הנבדק שבמהלכה ישאל את הנבדק שאלות שמטרתן לקבוע את מצבו הבריאותי והנפשי וזאת בכדי לאבחן את מידת התאמתו וכשירותו לעבור את חקירות הפוליגרף וכן את יחסו של הנבדק לבדיקה. פרמטרים לבניית שאלות לבדיקת פוליגרף על השאלות להיות פשוטות,בהירות וקצרות ככל שניתן.
השאלות יהיו בשפתו של הנבדק ובלשונו
אין להציג שאלות שהנבדק מסרב להישאל עליהן.אין להציג שאלות שהתשובה עליהן אינה חד משמעית.אין להציג שאלות הנוגעות לכוונות, אירועים בעתיד ו/או רגשות.שלב בניית השאלות הינו אחד המרכיבים החשובים ביותר בבדיקת הפוליגרף וניסוח מדויק מסייע בחקר האמת.הנבדק יענה לשאלות בתשובות כן או לא בלבד.הנבדק יחתום על טופס השאלות המוסכמות ובכך בעצם מתיר חוקית לבודק לשאול אותו שאלות אלו במהלך הבדיקה.בשלב זה יחבר מומחה הפוליגרף את הנבדק למכשיר.משך הבדיקה הינו כשעה ותלוי במורכבות הבדיקה ושיתוף פעולה של הנבדק.בתום הבדיקה ינתח בודק הפוליגרף את המדדים הגרפים (צארטים ) המתקבלים במכשיר ולאחר ניתוח קפדני יסכם את מסקנותיו.מסקנות הבדיקה יוגשו למזמין הבדיקה בדו"ח כתוב ומסכם להמשך טיפול. ובבניית השאלות שייבחנו בבדיקה, בודק הפוליגרףיזהה באופן ודאי את הנבדק היושב מולו.
